La sequenza del genoma del cane Basenji potrebbe avere un grande impatto sulla comprensione dell’evoluzione, dell’addomesticamento e delle malattie genetiche canine. Il Basenji, noto anche come cane senza corteccia, è un’antica razza di cani africani che vive e caccia ancora con i membri delle tribù nel Congo africano.
Nello studio, pubblicato su BMC Genomics, i ricercatori affermano che il genoma del Basenji, che si trova alla base dell’albero genealogico della razza canina, costituisce un eccellente riferimento imparziale per futuri confronti tra razze canine e analisi evolutive dei cani.
“Il cane è stato probabilmente il primo animale ad essere addomesticato dall’uomo ed è stato successivamente selezionato artificialmente dagli esseri umani in una grande varietà di razze canine di diverse dimensioni e forme“, afferma il dott. Richard Edwards, autore principale dello studio e docente di genomica e bioinformatica presso l’UNSW di Sydney, School of Biotechnology and Biomolecular Sciences.
“Prima di questo articolo, era difficile interpretare le differenze tra i genomi di riferimento del cane e i cani non addomesticati, come dingo, sciacalli, coyote, lupi e volpi.
“Grandi cambiamenti potrebbero essere il risultato di una recente selezione artificiale durante la creazione della specifica razza di riferimento.
“Aggiungendo un genoma di così alta qualità alla base dell’albero genealogico del cane domestico, abbiamo fornito un punto di riferimento per gli studi che possono aiutare a stabilire i tempi e la direzione dei cambiamenti genetici durante l’addomesticamento e la successiva riproduzione“.
Il Dr. Edwards afferma che la sequenza del genoma del Basenji è diversa dal tradizionale genoma di riferimento del cane, CanFam, che è di una razza altamente derivata, il Boxer.
Dice che la scelta del genoma di riferimento del cane può influenzare i risultati dei futuri studi sulla genetica del cane che esaminano le varianti genetiche.
“Ad esempio, il Boxer è molto più strettamente imparentato con altri mastini rispetto ad altre razze“, afferma.
“Questo può introdurre distorsioni nelle analisi genetiche su molte razze canine. C’è anche il rischio che la variazione specifica della razza possa mappare male, o per niente, a un riferimento parziale. In linea di principio, il Basenji è ugualmente distante dalla maggior parte delle razze moderne, rendendolo una base meno distorta per i confronti“.
La dott.ssa Kylie Cairns è esperta in identità ed evoluzione del dingo presso il Center for Ecosystem Science presso la School of Biological, Earth and Environmental Sciences dell’UNSW.
Secondo lei, il genoma Basenji ora fornisce un confronto di alta qualità con tutte le razze di cani domestici per studi futuri.
“Poiché i Basenji sono una razza molto antica, forniscono il confronto perfetto con le razze più moderne per esplorare come sono state sviluppate le razze, il processo di addomesticamento e assistere negli studi alla ricerca di geni della malattia“, afferma la dott.essa Cairns.
“Questo genoma sarà anche fondamentale rispetto a lupi, dingo e cani del villaggio come esempio di un’antica razza domestica“.
Dice che il genoma Basenji potrebbe consentire agli scienziati di svelare più completamente la storia evolutiva dei primi cani e come gli umani hanno plasmato i primi cani nei compagni e nelle razze che abbiamo oggi.
“Molte persone non si rendono conto che la maggior parte delle razze canine è nata negli ultimi 200-300 anni“, dice.
“Quindi, avere accesso a un genoma di riferimento di alta qualità da una razza antica come il Basenji fornisce informazioni sullo sviluppo precoce della razza e su come i cani domestici sono stati modellati dagli umani nelle ultime migliaia di anni.
“Saremo anche in grado di affrontare le domande persistenti sulla storia evolutiva dei dingo e dei loro parenti in Nuova Guinea, con il Basenji che funge da punto a metà tra i dingo non addomesticati e le razze canine veramente moderne come carlini, kelpie e barboncini“.
Il Dr. Edwards afferma che il genoma del Basenji è uno dei pochi genomi di qualità di riferimento per razze canine specifiche.
Il primo di questi è stato un pastore tedesco, Nala, a cui ha contribuito anche il dottor Edwards l’anno scorso.
Il dottor Edwards afferma che i ricercatori hanno combinato tre tecnologie di sequenziamento del genoma all’avanguardia per assemblare il genoma del cane Basenji, che si basa su un cane femmina chiamato China.
“Oltre il 99% dell’assemblaggio finale del genoma si trova nei 39 pezzi che rappresentano i 39 cromosomi del cane“, afferma.
“Questi cromosomi hanno solo un centinaio di regioni di sequenza irrisolta, che è la più piccola di qualsiasi genoma di cane pubblicato finora“.
“Questo lo rende uno dei genomi di cani di più alta qualità prodotti fino ad oggi“.
Lo studio presenta anche una serie di interessanti casi di studio sull’assemblaggio del genoma che dimostrano l’importanza della cura e dell’analisi attenta, anche per genomi di alta qualità.
“Anche le migliori tecnologie possono ancora commettere errori“, afferma il dott. Edwards.
Ad esempio, il genoma mitocondriale, un piccolo genoma separato appartenente a degli organuli considerati i generatori di energia della cellula, era stato erroneamente assemblato nel mezzo di uno dei cromosomi in una fase.
“La genomica ha fatto molta strada negli ultimi anni, ma non abbiamo ancora raggiunto la perfezione. Allo stesso tempo, non è possibile scansionare manualmente oltre due miliardi di lettere del DNA per individuare errori. Parte di ciò che guida la ricerca nel mio laboratorio sta trovando modi migliori per utilizzare i computer per identificare e correggere questi errori“.
